麦华达对于这样的反应大为不满，要求公告发出前，先由他审核，并且声明所有关于扬州事件的文件，必须送交北京的英国公使。

1868年9月，戴德生撤除倪义来在内地会的职务。 在给倪义来的信中，他提到这是几经考虑，并与会内所有成员开会商议后的结果。 他继续说：「我撤除你的职务，并不是由于宗派上的不同意见……或是由于你对英国服装的偏爱，或是其他理由，而是因为你习惯和蓄意去颠倒是非。」 倪义来一直以来都对内地会的成员及其他差会散播有关内地会的谎言。

戴德生把信写好，请麦卡悌过目和修饰文辞，然后送交倪义来。 麦卡悌对戴德生说：「在未发生这次暴乱之前，我们不大知道我们是多么爱戴你。 希望为主的缘故，也为着这片需要福音的土地，……我们更紧密地互相扶持。 亲爱的弟兄，愿神赐给你刚强的勇气，因为我相信你在写这封信给倪义来时，心里一定极其难过。」 麦卡悌也写了一封信给布迦先生，称赞戴德生的高尚品格，并且为他极力辩护。 他认为戴德生唯一的「过失」，就是尝试一个人做十个人的工作。

布迦寄了十镑给倪义来作为日常生活费用，又愿意提供倪氏夫妇从华近英的船票。 可是，倪义来选择留在萧山。 稍后他在宁波的一间医院工作了一段很短的日子，此后再没有他的音讯了。

十月，三位同情倪义来的女教士——斑苏珊（Susan　Barnes）及安氏姊妹（Margaret　and　Jane　Mc　Lean）联袂向内地会辞职。 而麦克莲以后和戴德生仍有往来，玛嘉烈（Margaret　McLean）和班苏珊则有一阵子参加了伦敦会的工作。

这些事对戴德生的健康打击很大，玛莉亚极之盼望他能够有几天休息的时间。

自从扬州教案后，内地会不断受到英国报章的批评，甚至基督徒也非议他们，奉献显著减少了。 许多人误会戴德生，认为他寻找英国领事帮助，利用坚船利炮来对抗中国官府。 事实上，在事发之初戴德生是向中国官吏求助的，只是事后才把事情发生的经过通知英国领事。 英国领事的行动完全是自发的。